به طور کلی برای فاضلاب های شهری با غلظت COD قابل تجزیه بیولوژیکی کمتر، دماهای پایین تر و الزامات حذف مواد مغذی، در حال حاضر فرآیندهای هوازی ترجیح داده می شوند. تصفیه بی هوازی یک تصفیه قابل قبول برای فاضلاب های صنعتی با غلظت بیشتر COD قایل تجزیه بیولوژیکی و دمای بالاتر به حساب می آید.
فاضلاب صنایع مختلفی از جمله صنایع صنایع غذایی، ترکیبات دارویی، کشتارگاه ها، صنایع لبنی و … می توانند از روش های بی هوازی بهره گیرند. فرآیندهای بی هوازی مزیت های زیادی برای از جمله مصرف انرژی کمتر نسبت به فرآیندهای هوازی دارد. در این فرآیندها با تبدیل مواد آلی به متان که خود می تواند منبع انرژی باشد انرژی تولید نماید.